Το πρωκτικό σεξ δεν είναι τόσο αθώο όσο θα θέλαμε να πιστεύουμε. Κρύβει κινδύνους και για τον λόγο αυτό, η επαφή χωρίς προφυλακτικό δεν συνιστάται.
Στην φυσιολογική χλωρίδα του εντέρου και του πρωκτού υπάρχουν χιλιάδες μικρόβια (τα κολοβακτηρίδια είναι τα επικρατέστερα) που κατά την πρωκτική επαφή χωρίς προφυλακτικό, μπορούν να μολύνουν την αντρική ουρήθρα και να διεισδύσουν βαθύτερα προκαλώντας λοιμώξεις του ουροποιητικού, όπως η ουρηθρίτιδα, η κυστίτιδα, η προστατίτιδα κτλ. Παρόλο που ο επιμελής καθαρισμός της περιοχής με ειδικά kits για πρωκτικές πλύσεις (anal douche kits) βοηθάει σημαντικά στην πρόληψη τέτοιων λοιμώξεων, η χρήση του προφυλακτικού αποτελεί την ασφαλέστερη οδό. Είναι σημαντικό να χρησιμοποιείτε διαφορετικό προφυλακτικό εάν έρθετε και σε κολπική επαφή. Το προφυλακτικό μπορεί να χρησιμοποιηθεί μόνο με υδατοδιαλυτό λιπαντικό και όχι με λιπαντικά με βάση το λάδι (κρέμες, βαζελίνη, baby oil) γιατί το καταστρέφουν.
Η πρωκτική επαφή χωρίς προφυλακτικό δεν αποκλείει και τη μετάδοση σεξουαλικών νοσημάτων. Ο πρωκτός και το ορθό μπορούν να προσβληθούν από σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα όπως η γονόρροια, η σύφιλη, τα χλαμύδια, ο HPV (ιός των θηλωμάτων/κονδυλωμάτων), ο έρπητας, η ηπατίτιδα Β και ο ιός του AIDS (HIV). Μπορούν κατά συνέπεια και να γίνουν εστίες μεταδόσεως αυτών των νοσημάτων.
Ανακεφαλαιώνοντας, η χρήση προφυλακτικού συνιστάται σε κάθε πρωκτική επαφή. Οι πρωκτικές πλύσεις αφορούν μόνο στην πρόληψη των μικροβιακών λοιμώξεων.